En 1986 se constituyó la Asociación Cultural “Islas del Pacífico”. Después, ante el interés suscitado en otros grupos afines, como la Asociación Taina Rapa Nui, fundada en 1985, la incorporación de nuevos miembros y la decisión de organizar unas jornadas que integrasen a todas aquellas personas que estaban trabajando en la región, incluyendo las islas Filipinas, la Asociación pasó a denominarse Instituto Español de Estudios del Pacífico. Finalmente, el 11 de Noviembre de 1988, se acordó adoptar la actual denominación de Asociación Española de Estudios del Pacífico (A.E.E.P.).
Desde esa fecha, la Asociación ha mantenido una creciente actividad, empezando por la organización de varios congresos internacionales –siete hasta la actualidad-, seguidos de la publicación de sus correspondientes actas.
De igual forma, y en todos estos años, han sido organizadas numerosas mesas redondas, cursos, conferencias, presentaciones, exposiciones, y otras actividades.
Entre sus publicaciones, destaca la Revista Española del Pacífico, decana de los estudios sobre el área del Pacífico en nuestro país. Pero también ha patrocinado la ediicón de libros de consulta, y de cuadernos monográficos.
Desde su fundación, la Asociación mantiene su sede en el Colegio Mayor Universitario Nuestra Señora de África, dependiente de la Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo (Ministerio de Asuntos Exteriores y de Cooperación).